據成書于清乾隆四十九年（1784）的《杭州府志•方技》記載：“明朝朱養心，余姚人，徒于杭，幼入山，得方書，專門外科，手到疾愈，迄今子孫皆世其業”。
本公司始創于明萬歷年間（1573-1620），與《本草綱目》同時代問世的朱養心藥室。創始人朱養心及其后人在長期的醫療實踐中形成了以膏丹為主的外治法特色，并創建了名震江南的朱養心藥室，其家傳產品以治療跌打損傷、癰疽瘡瘍的膏藥和防治眼疾的眼藥為主體，選用道地藥材精心炮制而成。當家產品有：萬靈五香膏、阿魏狗皮膏、陽和解凝膏、紅膏藥及八寶神效眼藥等15類。當年各類成藥均在藥名前冠以“朱氏”二字，以示正宗。晚清年間，可謂“朱養心藥室”的全盛時期，當時由民間集資在大井巷為朱養心建造大宅一幢，前店后廠。舊時這一帶地處交通要沖，商家林立。朱養心作為當時四家國名藥店之一，常常是門庭若市、購者如云。幾個世紀的悠遠歲月，在民間留下了有關朱養心的許多美麗傳說。其中最為有名和感人的是“潑水墨龍”與“和合二仙”的故事以及“良藥良醫世沾幸福，利人利已天賜吉祥”的佳話。
朱養心其技術秘方的手抄本保存至今，前店后廠的老宅仍處在杭州市現在重點保留與維護的歷史街區——大井巷13號原址。在杭州市檔案管內可以查閱到朱養心在解放前后的各類檔案資料，現存的各類書刊史料也均記載有朱養心的情況，如《金字招牌——杭州名店》、《杭州醫藥商業志》、《杭州市志》（第七卷）、《中華老字號》畫報等，朱養心已經成為祖國傳統中藥發展史的見證，為祖國傳統文化增添了光彩的一筆。
建國后，這個作坊式的藥店歷經艱難曲折，逐步組建成符合現代管理規范的制藥企業：1956年，公私合營時朱養心后人的私股資金已所剩無幾； 1966年，曾更名光明藥室；1982年7月正式建立朱養心膏藥廠；1988年6月更名朱養心藥廠；2001年3月，改制為有限責任公司，更名為杭州朱養心藥業有限公司。